* 1984 : Les Griffes de la nuit (A Nightmare On Elm Street), de Wes Craven : Glen Lantz
* 1985 : Private Resort : Jack
* 1986 : Platoon, d'Oliver Stone : Private Gator Lerner
* 1990 : Cry-Baby, de John Waters Wade « Cry-Baby » Walker
* 1990 : Edward aux mains d'argent (Edward Scissorhands), de Tim Burton : Edward
* 1992 : La Fin de Freddy - L'ultime cauchemar, de Rachel Talalay
* 1993 : Arizona Dream, d'Emir Kusturica : Axel Blackmar
* 1993 : Benny & Joon, de Jeremiah S. Chechik : Sam
* 1993 : Gilbert Grape (What's Eating Gilbert Grape), de Lasse Hallström : Gilbert Grape
* 1995 : Don Juan DeMarco, de Jeremy Leven : Don Juan
* 1994 : Ed Wood, de Tim Burton : Ed Wood
* 1996 : Cannes man, de Richard Martini : lui-même
* 1996 : Dead Man, de Jim Jarmusch : William Blake
* 1996 : Meurtre en suspens (Nick of Time), de John Badham : Gene Watson
* 1997 : Donnie Brasco, de Mike Newell : Donnie Brasco/Joe Pistone
* 1997 : The Brave, de Johnny Depp : Raphael
* 1998 : Las Vegas Parano (Fear and Loathing in Las Vegas), de Terry Gilliam : Raoul Duke
* 1999 : I Love L. A. , de Mika Kaurismäki : lui-même
* 1999 : The Source , de Chuck Workman : Jack Kerouac
* 1999 : La Neuvième porte (The Ninth Gate), de Roman Polanski : Dean Corso
* 1999 : Intrusion (The Astronaut's Wife), de Rand Ravich : Commandant Spencer Armacost
* 1999 : Sleepy Hollow, de Tim Burton : Ichabod Crane
* 2001 : The Man Who Cried, de Sally Potter : Cesar
* 2001 : Le Chocolat, de Lasse Hallström : Roux
* 2001 : Avant la nuit ("Before night falls") de Julian Schnabel : Lieutenant Victor
* 2001 : Blow, de Ted Demme : George Jung
* 2001 : From Hell, d'Albert Hughes et Allen Hughes : Inspecteur Frederich Abberline
* 2003 : Lost in la Mancha de Keith Fulton et Louis Pepe
* 2003 : Pirates des Caraïbes 1 : La Malédiction du Black Pearl (Pirates of the Caribbean: The Curse of the Black Pearl), de Gore Verbinski : Capitaine Jack Sparrow
* 2003 : Il était une fois au Mexique (Once Upon a Time in Mexico), de Robert Rodriguez : George Sands
* 2004 : Fenêtre secrète (Secret Window), de David Koepp : Mort Rainey
* 2004 : Ils se marièrent et eurent beaucoup d'enfants, d' Yvan Attal : L'inconnu
* 2004 : Neverland (Finding Neverland), de Marc Forster : Sir James Mathew Barry
* 2004 : Le Secret enfoui de Night Shyamalan de Night Shyamalan
* 2005 : Charlie et la chocolaterie (Charlie and the Chocolate Factory), de Tim Burton : Willy Wonka
* 2005 : Les noces funèbres (the Corpse Bride), de Tim Burton (voix) : Victor Van Dort
* 2006 : Rochester, le dernier des libertins (The Libertine), de Laurence Dunmore : Rochester
* 2006 : Pirates des Caraïbes 2 : Le Secret du Coffre Maudit (Pirates of the Caribbean: Dead Man's Chest), de Gore Verbinski : Capitaine Jack Sparrow
* 2007 : Pirates des Caraïbes 3 : Jusqu'au bout du monde (Pirates of the Caribbean: At World's End), de Gore Verbinski : Capitaine Jack Sparrow
* 2007: Joe Strummer : The Future Is Unwritten, de Julien Temple : lui-même
* 2007: Gypsy Caravan, de Jasmine Dellal : lui-même
* 2007: Deep Sea 3D, de Howard Hall : co-narrateur
* 2008 : Sweeney Todd : Le diabolique barbier de Fleet Street, de Tim Burton : Benjamin Barker / Sweeney Todd
* 2008 : Shantaram, de Gregory David Roberts : Lindsay
* 2009 : Public Enemies, de Michael Mann : John Dillinger (en cours de tournage)